O Programa de Pós-Graduação em Ciências Farmacêuticas (PPGCF) foi criado em 2005 e homologado pelo CNE em 2006 (Portaria Nº 2.000 - DOU 21/12/06 - Parecer 165/2006 de 20/12/2006), objetivando construir um espaço de excelência para os estudos na área das Ciências Farmacêuticas, fomentando a formulação de estratégias de pesquisa, capacitando recursos humanos para atuar na região e estabelecer cooperação técnico-acadêmica com instituições regionais, nacionais e internacionais visando o entendimento do processo saúde x doença e o aproveitamento da biodiversidade para melhoria da qualidade de vida do amazônida.

A Área de Concentração do PPGCF é “Fármacos e Medicamentos” e as Linhas de Pesquisa são: Avaliação Biológica de Princípios Ativos Naturais e Sintéticos; e Desenvolvimento e Avaliação de Medicamentos Naturais e Sintéticos. Desde o primeiro processo seletivo, em agosto de 2006, o PPGCF já formou mais de 70 mestres, e atualmente encontram-se 45 discentes matriculados, claro indicador do papel estratégico do Programa para capacitação de recursos humanos na região amazônica.

Não obstante, o Programa conta com 20 bolsas da CAPES e 6 bolsas do CNPq. O quadro docente é composto por 17 professores, distribuídos pelas duas linhas de pesquisa. Ao final de 2014, o quadro docente foi composto por 19 docentes, dos quais 08 permanentes lotados na Faculdade de Farmácia, Faculdade de Química (1) e Faculdade de Engenharia Química (1) e por nove docentes colaboradores, lotados na Faculdade de Farmácia (03), Universidade Federal de Goiás (01), Centre Rapsodee - E´cole des Minas d´Álbi Carmaux- França (01), Universidade Federal do Amapá (01), Universidade Federal do Pará (02) e na Universidade Federal do Rio de Janeiro (01).  Em 2014, o quadro docente permanente contava com quatro bolsistas de Produtividade em Pesquisa e três bolsistas de Desenvolvimento Tecnológico. Os docentes são especialistas nas diferentes linhas de pesquisa das Ciências Farmacêuticas, com dedicação exclusiva e pertencentes ao quadro da UFPA, o que permite que os créditos obrigatórios e complementares necessários à titulação sejam obtidos nas diversas disciplinas ministradas no Programa. Excepcionalmente e de acordo com recomendações do orientador, os discentes cursam disciplinas em outros programas de pós-graduação.  Todos os docentes possuem experiência em orientação de Mestrado e boa parte destes em Doutorado.